Постдипломските студии на насоката Царина и шпедиција за прв пат беа воведени во академската 2004/2005 година со студиската програма Современи развојни тенденции во царинско-шпедитерското работење. Студиската програма беше воведена како резултат на потребата во рамките на царинската и деловната заедница, од академски кадар кој што располага со знаења од областа на меѓународната трговија и современите царински системи, да ја познаваат царинската регулатива во меѓународната трговија и да се оспособат со вештини во шпедитерско – логистичкото работење. Вториот циклус студии по Царина и шпедиција има цел да профилираат кадри кои што успешно може да одговорат на барањата на раководните позиции како во рамките на јавниот, така и во рамките на приватниот сектор. Знаењата и вештините на студентите стекнати во текот на нивните студии им овозможуваат и полесно стекнување на лиценци за застапување во работењето пред царинските органи. Студентите ќе бидат во можност своите вештини да ги искористат, покрај во царинските служби и шпедитерско – логистички компании, исто така и при работење во стопански субјекти кои обавуваат надворешно – трговско работење. Стекнатите знаења и вештини на оваа студиска програма студентите можат да ги искористат и во државната администрација, но и за водење свој бизнис, особено во областа на шпедитерско – логистичкиот сектор.
Согласно Меѓународната стандардна класификација на образованието – ISCD и Меѓународната Фраскатиева класификација на научно-истражувачките подрачја, полиња и области, студиската програма по Царина и шпедиција припаѓа во научното подрачје – општествени науки 5, поле организациони науки и управување (менаџмент) 5.06, научна област 50621 – Менаџмент во царина и шпедиција. Студиската програма е во времетраење од 1 (една) година односно 2 (два) семестри. За успешно завршување на студиската програма студентите треба да се стекнат со најмалку 60 ЕКТС кредити. По завршувањето на студиите, студентот може да го продолжи образованието на трет циклус студии.
Вториот циклус студии опфаќа вкупно 3 задолжителни предмети, 2 изборни предмети се избираат од редот на сите наставни предмети застапени на единицата на Универзитетот, и 1 изборен предмет од редот на сите изборни наставни предмети застапени во студиските програми на единиците на државните универзитети. Исто така, студентот има обврска да изработи и јавно да брани магистерски труд.